Le cours permet la connaissance des interactions existantes entre les microorganismes et les différents écosystèmes (les eaux, les sols, le tube digestif de l’homme et de l’animal). Les principaux groupes de microorganismes  (indicateurs ou spécifiques) dans ces différentes niches écologiques  sont particulièrement étudiés. Le rôle des microorganismes dans les différents cycles de la matière vivante (cycles biogéochimiques des éléments) est également largement évoqué.